Ecosse, au milieu du XVIe siècle. Marie Stuart, jeune veuve du roi de France, François II, revient de son exil en France pour rejoindre son pays d'origine. Dans son royaume s'affrontent deux clans : les lords des Highlands au nord de l'Ecosse, fidèles à Rome et les lords des villes du Sud comme Edimbourg, galvanisés par des chefs religieux fanatiques tels John Knox, figure de la réforme écossaise. Une haine viscérale va pousser le demi-frère bâtard de la reine d'Ecosse, le comte Moray, à s'allier aux ennemis de sa soeur dont la reine Elisabeth, première d'Angleterre, et les lords protestants, afin de destituer Marie Stuart de son trône et gouverner ainsi à sa place sans jamais avoir de sang sur les mains...